GeoDatabase是Esri公司基于关系数据库管理系统（RDBMS）开发的一种空间数据库管理系统（Spatial Database Management System，简称SDMS）。而MySQL是一种开源的关系数据库管理系统。GeoDatabase和MySQL都可以用来存储和管理数据，但它们在数据存储和管理方面有一些区别。

一、数据模型

GeoDatabase使用的是地理信息系统（GIS）数据模型，可以存储和管理地理空间数据，例如地点、地图、几何对象、遥感数据等。它提供了丰富的空间数据类型和功能，可以进行空间查询、空间分析和地图制作等操作。

MySQL是一个通用的关系数据库管理系统，它使用的是关系数据模型。它可以存储和管理各种类型的数据，包括文本、数字、日期等，但并没有直接支持地理空间数据类型和功能。不过，MySQL可以通过一些扩展来实现对地理空间数据的存储和查询，例如使用GIS扩展或者SpatialOS库。

二、数据存储

GeoDatabase使用文件型数据库，数据以文件的形式存储在磁盘上。它将地理空间数据存储为特定格式的文件，例如shapefile或者Geodatabase文件，这些文件可以通过GIS工具直接读取和编辑。

MySQL使用关系数据库管理系统，数据以表格的形式存储在数据库中。每个表格都由字段和记录组成，字段定义了表格中每列的数据类型，记录是表格中每一行的数据。用户可以通过SQL语句对表格进行增删改查操作。

三、数据处理

GeoDatabase提供了丰富的空间数据处理功能，例如空间查询、空间分析、地图绘制等。它可以通过GIS工具（例如ArcGIS）来进行数据处理和地图制作。

MySQL提供了一套强大的SQL语言，用户可以通过SQL语句来对数据进行查询、统计、分组、排序等操作。虽然MySQL本身不提供地理空间数据处理功能，但可以通过GIS扩展或者SpatialOS库来实现对地理空间数据的查询和分析。

四、性能和扩展性

GeoDatabase在处理地理空间数据方面具有较高的性能和扩展性。它可以处理大规模的地理数据集，并支持并行处理和分布式处理。同时，GeoDatabase还支持空间索引和空间分区等技术，提高数据访问和查询的效率。

MySQL在处理大规模数据方面也具有较好的性能和扩展性。它支持主从复制、分片等技术，可以实现高可用、高并发和水平扩展。但对于地理空间数据的处理，需要使用额外的扩展来实现。

五、适用场景

GeoDatabase主要用于地理信息系统（GIS）领域，适用于存储和管理地理空间数据，并进行空间查询、分析、绘制等操作。

MySQL则适用于各种类型的数据存储和管理场景，例如网站、应用程序、企业级应用等。它广泛应用于数据存储、数据分析、报表生成等领域。

总结来说，GeoDatabase和MySQL都是用来存储和管理数据的工具，但它们在数据模型、数据存储、数据处理、性能和适用场景等方面有所区别。在选择使用哪种数据库时，应根据实际需求和应用场景来进行评估和选择。