在PHP中调用第三方软件通常需要使用系统调用函数。系统调用函数是用来调用操作系统提供的功能的。在Linux和MacOS中，通常使用`exec()`、`system()`或者`passthru()`等函数来执行系统命令。在Windows中，可以使用`exec()`、`system()`或者`proc_open()`等函数来执行系统命令。

下面以执行Python脚本为例，说明如何在PHP中通过exec系统调用函数来调用第三方软件。

1. 准备Python脚本

首先，我们需要准备一个简单的Python脚本，例如：

```python

# hello.py

print("Hello World!")

该脚本用于输出“Hello World!”字符串。

2. 在PHP中调用Python脚本

接下来，我们可以使用exec函数在PHP中调用Python脚本，示例代码如下：

```php

// index.php

$command = "python3 /path/to/hello.py";

$result = exec($command);

echo $result;

上述代码会执行名为`hello.py`的Python脚本，并将输出结果保存在`$result`变量中。最后，我们可以通过`echo $result`语句将结果输出到网页中。

需要注意的是，在使用exec函数调用系统命令时一定要非常小心，确保命令的安全。因为一旦命令执行不当，可能会导致非常严重的安全问题。

3. 处理命令行参数

有些时候，我们可能需要在PHP中将一些参数传递给Python脚本。此时，可以在命令中添加参数。例如：

```php

$command = "python3 /path/to/hello.py --name 'Tom'";

上述命令将参数`--name 'Tom'`传递给Python脚本，这样我们就可以在Python中使用该参数了。例如：

```python

# hello.py

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()

parser.add_argument("--name", type=str, help="Name of user")

args = parser.parse_args()

print("Hello, {}!".format(args.name))

上述Python脚本将会输出`Hello, Tom!`字符串。

通过上述方法，我们可以使用PHP调用任何我们想调用的第三方软件。但是，需要特别强调的是，我们应该非常小心地处理系统命令，确保没有安全问题。

首先，如果你想在PHP中调用第三方软件，你需要知道你想要调用的软件的可用接口以及如何正确地构造输入和输出参数。

一般来说，调用第三方软件可以使用exec或shell_exec命令。这些命令允许您在PHP中执行操作系统命令和程序，并且可以捕获输出结果。

例如，以下是一个调用外部PDF转换器程序的示例：

$pdf = 'document.pdf';

$output = 'output.jpg';

$command = 'convert ' . $pdf . ' ' . $output;

exec($command);

在这个例子中，将一个PDF文档转换为一个JPG图像文件。$pdf和$output是要转换的文件名；$command是要执行的命令。通过调用exec函数，将$command传递给操作系统来执行。

另一个调用例子是使用cURL库调用API。cURL具有灵活性和强大的功能，它可以让你轻松地与第三方API互动，并解析返回的JSON或XML数据。

以下是一个调用GitHub API的示例：

$url = 'https://api.github.com/user';

$ch = curl_init($url);

curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, 1);

curl_setopt($ch, CURLOPT_USERAGENT, $_SERVER['HTTP_USER_AGENT']);

curl_setopt($ch, CURLOPT_HTTPHEADER, array('Authorization: token ' . $token));

$data = curl_exec($ch);

curl_close($ch);

在这个例子中，我们首先指定API的URL，对其进行初始化并设置一些选项，例如“CURLOPT_RETURNTRANSFER”和“CURLOPT_USERAGENT”。我们还在HTTP头中包含了GitHub API的身份验证令牌。最后，我们使用“curl_exec”获取返回的数据，并使用“curl_close”关闭cURL句柄。

在使用第三方软件或API时，请务必清楚其使用条款和政策。请确保您具有适当的许可和权限，以避免违法使用和法律问题。

综上所述，PHP中调用第三方软件主要依赖于exec或shell_exec命令或使用cURL库调用API等方式，但一定要确保所调用的软件或API可以合法使用以及确保传递的参数正确。