当MySQL达到了设定的限制值，需要进行清理操作以释放资源和维持系统的正常运行。下面是一些常见的清理方法：

1. 删除不必要的数据：检查数据库中是否存在不再使用或过期的数据，可以通过执行DELETE或TRUNCATE语句将其删除。同时，确保备份数据、日志文件等也及时清理。

2. 优化数据库表结构：通过使用ALTER TABLE语句，对表进行优化，包括删除不必要的索引、重建索引以及重新设计表结构等操作。这样可以提高数据库的查询和写入性能。

3. 缩减数据库日志文件：MySQL的日志文件包括二进制日志文件(binlog)和事务日志文件(redo log)。可以使用FLUSH LOGS语句来切换并生成新的日志文件，然后删除旧的日志文件。

4. 清理查询缓存：MySQL中的查询缓存可以帮助提高查询请求的响应速度，但如果缓存中的数据过期或已无效，就需要清理缓存。可以通过执行RESET QUERY CACHE语句来清空查询缓存。

5. 优化MySQL配置参数：根据系统资源和需求进行合理的配置参数调整，例如调整缓冲区大小、连接数限制等，以提升数据库性能和使用效率。可以通过修改MySQL配置文件（如my.cnf）来进行配置调整。

6. 重启MySQL服务：如果以上方法都没有解决问题，可以尝试重启MySQL服务。重启后，数据库将重新加载，可能会释放一些占用的资源和清理临时数据。

请注意，在执行任何清理操作之前，务必备份数据库以防止数据丢失或不可恢复的错误发生。此外，根据具体情况可以结合使用多种方法进行清理，以达到最佳效果。