在 PHP 中优化 MySQL 主要集中在以下几个方面：

1. 使用合适的索引：索引是优化查询性能的关键。可以通过在查询频繁的列上创建适当的索引来加快查询速度。避免在大表上使用模糊查询，因为它们通常无法使用索引。使用 explain 语句查看查询执行计划，了解查询是否正确使用了索引。

2. 合理选择数据类型：选择更小的数据类型可以减少存储空间和索引的大小，从而提高查询性能。例如，对于只存储 0、1 两个值的字段，可以使用 TinyInt 类型而不是 Int 类型。

3. 使用预编译语句和绑定参数：使用预编译语句可以减少 SQL 解析的开销，并通过绑定参数来避免 SQL 注入攻击。使用 PDO 或 mysqli 扩展提供的预编译语句功能，可以获得更好的性能和安全性。

4. 减少查询次数：尽量减少查询次数可以减少与数据库的通信开销。可以使用 JOIN 语句来避免多次查询相同的表，或者使用子查询来获取所需的数据。

5. 使用缓存：将经常查询的结果缓存起来，可以降低对数据库的访问次数。可以使用缓存工具如 Memcached 或 Redis 来保存查询结果，提高访问速度。

6. 分批处理数据：当处理大量数据时，可以将数据分成小批次处理，以避免一次性加载所有数据造成的内存压力。可以通过使用 LIMIT 和 OFFSET 语句来实现分批处理。

7. 避免不必要的查询和数据操作：只查询和操作需要的数据，避免不必要的数据传输和计算。只选择需要的字段，使用 LIMIT 语句限制返回的行数。

8. 优化 SQL 查询语句：对复杂的查询语句进行优化，避免使用较慢的子查询或多重嵌套。合理使用 UNION 和 EXISTS 语句，避免不必要的数据操作和计算。

9. 增加服务器硬件资源：如果以上优化措施仍无法满足性能需求，可以考虑增加服务器的硬件资源，如增加内存、增加 CPU 核心数、使用更快的硬盘等。

最后，需要注意的是，不同的应用场景可能需要不同的优化策略，因此根据具体情况综合考虑和调整。此外，定期进行性能测试和监测，及时发现和解决可能存在的性能问题也是很重要的。