优化MySQL数据库可以提高查询性能，增加数据库的吞吐量。下面是一些优化MySQL的常用方法：

1. 确保表结构的合理性：设计良好的表结构是优化MySQL性能的基础。合理划分表的范围，使用适当的数据类型和字段属性。

2. 创建适当的索引：索引可以加快查询速度。需要根据查询的字段选择索引，但不要过度索引。还可以使用复合索引来优化多个字段的查询。

3. 优化查询语句：避免使用SELECT *，只选择需要的列。使用JOIN时，确保关联的字段上有索引。使用EXPLAIN语句来分析查询语句的执行计划，找出潜在的问题。

4. 分页查询优化：对于大数据量的分页查询，可以使用LIMIT关键字来限制查询结果的数量，避免一次查询所有数据。同时使用索引来加速排序。

5. 避免使用过多的JOIN：JOIN操作会消耗较大的开销，所以需要尽量避免使用过多的JOIN。可以考虑使用子查询或者临时表来替代复杂的JOIN操作。

6. 使用缓存：MySQL具有缓存机制，可以缓存查询结果或者整个表。可以设置适当的缓存大小，提高查询性能。

7. 调整服务器参数：根据数据库的实际情况，调整MySQL服务器的参数，如缓冲区大小、并发连接数等。

8. 定期清理无用数据和索引：定期清理无用的数据和索引可以提高查询性能。可以使用OPTIMIZE TABLE命令来重新组织表的物理结构，优化表的性能。

9. 使用连接池：连接池可以避免频繁的建立和关闭数据库连接的开销，提高数据库的吞吐量。

10. 升级到最新版本：MySQL不断更新和改进，升级到最新版本可以享受到更好的性能和安全性。

综上所述，通过合理设计表结构、创建适当的索引、优化查询语句、使用缓存等方法，可以有效地优化MySQL数据库，提高查询性能和吞吐量。