清理MySQL数据库可以通过以下几个步骤进行。

1. 删除不再使用的数据库：如果有些数据库已经不再使用，可以通过以下命令来删除它们：

DROP DATABASE database_name;

其中，`database_name`是要删除的数据库的名称。

2. 清理无用的表：有些表可能已经不再使用或者不需要了，可以通过以下命令删除它们：

DROP TABLE table_name;

其中，`table_name`是要删除的表的名称。

3. 清理无用的数据：有些数据可能已经过时或者不再需要，可以通过以下命令删除它们：

DELETE FROM table_name WHERE condition;

其中，`table_name`是要删除数据的表的名称，`condition`是删除数据的条件。

4. 优化数据库：MySQL数据库使用了一种称为索引的机制来加快查询速度，但是随着时间的推移，索引可能会变得不再有效。可以使用以下命令优化表：

OPTIMIZE TABLE table_name;

其中，`table_name`是要优化的表的名称。

5. 清理日志文件：MySQL数据库会生成各种日志文件，包括错误日志、查询日志等。可以使用以下命令清理这些日志文件：

FLUSH LOGS;

注意，清理日志文件可能会导致丢失某些重要的日志信息，请谨慎操作。

6. 定期备份和恢复数据库：定期备份数据库是非常重要的，因为即使清理了数据库，有时候还是会有数据丢失的风险。可以通过使用MySQL提供的备份工具，如`mysqldump`工具来备份数据库，并在需要时使用备份文件进行数据库恢复。

清理MySQL数据库时，请始终谨慎操作，确保备份重要数据，以防止数据丢失。