在MySQL中，可以通过以下几种方法限制数据库使用的空间：

1. 设定存储引擎的最大容量：MySQL支持多种存储引擎，如InnoDB、MyISAM等。每个存储引擎都有不同的方法限制存储空间。例如，对于InnoDB存储引擎，可以通过设置`innodb_data_file_path`参数来限制数据文件的大小，以及通过设置`innodb_file_per_table`参数来控制每个表的数据文件是否单独存储。

2. 设定表空间的最大大小：在创建表时，可以指定表的存储空间大小。例如，可以使用`CREATE TABLE`语句的`MAX_ROWS`和`AVG_ROW_LENGTH`选项来控制表的最大行数和平均行长度，从而间接限制表的最大空间。

3. 设定数据库的总空间限制：在MySQL 5.7版本之后，可以使用`MAXIMUM_STORAGE_FILE`全局参数来限制整个数据库的存储空间。通过设置该参数，可以限制数据库所占用的总磁盘空间。

4. 使用分区表：分区表是将一个大的表划分成若干个小的分区，每个分区可以独立地存储在不同的文件中。通过合理划分分区，可以有效地控制每个分区的大小和存储空间。

5. 监控和清理不必要的数据：定期检查数据库中的数据，删除不再使用的数据。可以使用软删除或者物理删除的方式，根据具体情况选择合适的删除方法。同时，还可以通过定期优化表和索引，以减少数据占用的空间。

需要注意的是，以上方法对于MySQL的存储空间限制是有效的，但并不能完全防止超出限制。在实际应用中，还需要根据具体需求定期监控和维护数据库，以保证数据库的正常运行和存储空间的合理利用。