在MySQL中，删除.ibd文件是一个比较危险的操作，因为.ibd文件是InnoDB存储引擎的数据文件之一，直接删除可能会导致数据库的损坏。正确的做法是使用MySQL提供的命令来删除.ibd文件。

以下是一些操作步骤及注意事项：

1. 在开始删除之前，首先需要确认你要删除的是哪个数据库的.ibd文件。可以通过以下命令查看数据库的存储路径：

```sql

SHOW VARIABLES LIKE 'datadir';

```

以上命令会显示MySQL数据目录的路径。在该路径下，每个数据库对应一个文件夹，对应的.ibd文件会在该文件夹下。

2. 停止MySQL服务。可以使用以下命令停止MySQL服务：

```shell

sudo service mysql stop

```

注意，这个命令可能会因为不同操作系统的不同而有所变化。

3. 找到要删除的数据库对应的.ibd文件，并备份。在执行删除操作之前，强烈建议先备份该文件，以防止数据丢失。可以将.ibd文件复制到其他位置作为备份。

4. 删除.ibd文件。在确认已经备份好了数据之后，可以直接删除.ibd文件。可以使用以下命令删除文件：

```shell

sudo rm /path/to/datadir/db_name/table_name.ibd

```

其中，`/path/to/datadir`是之前查到的MySQL数据目录路径，`db_name`是要删除的数据库名，`table_name`是要删除的表名。

5. 启动MySQL服务。删除完成后，可以使用以下命令启动MySQL服务：

```shell

sudo service mysql start

```

注意，这个命令可能会因为不同操作系统的不同而有所变化。

删除.ibd文件之前，请务必进行充分的备份，并确保你明确知道要删除的是哪个数据库的哪个表的数据文件。不正确的删除操作可能导致数据丢失或数据库崩溃。