当MySQL中存在过多的索引时，会对数据库性能产生负面影响，如降低查询速度和增加磁盘空间使用等。因此，需要针对索引进行优化，以提高数据库性能。

以下是一些优化索引的方法：

1. 评估索引的质量和重要性：不是所有的索引都是必需的，需要评估每个索引的质量和重要性。一些无用或很少使用的索引应该删除，以减少索引的数量。

2. 精简冗余索引：在表上存在重复索引时，可以删除其中一个或多个。冗余索引不仅占用磁盘空间，而且会使写操作变慢，因为每个操作都需要更新多个索引。

3. 优化索引设计：创建合适的索引会显著提高查询性能。通常，对于常用的查询字段和JOIN条件，应该建立索引。

4. 使用复合索引：复合索引是由多个列组成的组合索引，可以大大减少索引的数量。但是，需要注意的是，如果复合索引的列太多，那么每次查询时，MySQL都需要扫描很多数据，这会影响查询性能。

5. 定期检查和重新组织索引：随着数据量的增加，索引可能会出现膨胀。定期检查和重新组织索引可以减少碎片和提高查询性能。可以使用OPTIMIZE TABLE命令来重新组织索引。

总之，减少冗余索引，优化索引设计，使用复合索引以及定期检查和重新组织索引都是优化MySQL索引的有效方法。

当MySQL中存在过多的索引时，可能会导致以下问题：

1. 查询性能下降：每个索引都需要占用一定的空间，而且随着索引数的增加，查询的性能也会降低，因为MySQL需要比较更多的索引来确定最佳索引策略。

2. 维护成本增加：随着索引数量的增加，Index维护操作的时间也会增加。对于大数据量的表，对所有的索引执行重建和优化操作需要花费很长的时间。

3. 存储空间的浪费：索引也需要占用存储空间。如果存在无用的索引，这些索引会让存储空间的利用率降低，造成存储空间的浪费。

那么如何处理过多的索引呢？

1. 删除无用的索引：有些早期版本的MySQL可能会动不动就自动生成索引，但这些索引可能并不是所有的查询都需要的。可以使用SHOW INDEX进行检查，查看每个索引的使用情况，并删除那些没有使用过的索引。

2. 合并冗余的索引：与多个重复的索引相比，序列索引是更有效的。可以使用SHOW INDEX来识别重复的索引。

3. 优化查询的语句：如果查询的语句中包含了WHERE子句或JOIN操作，可以考虑重写查询语句或对查询进行优化，以避免使用多个索引。

4. 对大表进行分区：对于大表，可以使用分区技术将表分成多个表。这样可以减少每个表中索引的数量，从而减少索引的维护成本和存储空间的占用。

总之，合理使用索引是提高MySQL性能的关键之一。过多的索引会导致MySQL性能下降，因此需要注意调整和优化索引。